La fondation s'intéresse à de nombreux aspects de la gestion durable des forêts. Il n’y a pas que l'accroissement du bois qui est réjouissant, mais aussi la diversité de l'habitat pour les animaux et les plantes. La forêt de Cerneux-Péquignot est à cet égard un bon exemple de forêt riche en structures et à fort potentiel pour la biodiversité.

Afin d'identifier et d'améliorer également d'autres prestations forestières importantes pour l'écosystème, la fondation s'est fait conseiller par l'Association SORBUS à Neuchâtel. Cette collaboration a débouché sur un concept de gestion visant à augmenter la proportion de vieux bois, à aménager des biotopes humides, à créer des clairières et à entretenir une lisière existante avec des arbustes et d’essences pionnières. Les lisières sont elles aussi des surfaces importantes pour la biodiversité. Elles peuvent abriter de nombreuses espèces et sont importantes pour l'adaptation au changement climatique.

En collaboration avec les gardes-forestiers locaux, il est désormais possible de tenir compte aussi bien des aspects économiques qu'écologiques de la gestion durable de cette forêt.